前からスパムの件数は表示されるのに実際に見たら0件になってたりしておかしいなぁとは思ってたというか、恐らくDB壊れてるんだろうなぁとか思いながらも放置してたわけですが、ようやく修復しました。
とりあえずデータベースをダウンロードして、内容をエクスポート→インポートしてみると、アクセス権がないだのなんだの言われて失敗。
SQLITE3をダウンロードしてダンプで吐き出してからエラー部分を削除→新規DBに書き込みすると上手くいけました。
なるべくDBのバックアップも取るようにしないとダメですね(´・ω・)